Karolina Šantl Zupan a obtenu son diplôme et terminé ses études de troisième cycle à l'Académie de musique de Ljubljana, dans la classe du professeur Fedja Rupel. Elle a poursuivi ses études avec le professeur W. Schulz à l'École supérieure de musique et des beaux-arts de Vienne.

Au cours de ses études, elle a participé à plusieurs concours et a reçu de nombreuses récompenses. En 1990, elle a reçu un prix spécial du jury de Markneukirchen et le prix Student Prešeren pour son interprétation de la Sonate de Philippe Gaubert.

Karolina Šantl Zupan a commencé sa carrière professionnelle avec l'orchestre philharmonique slovène et a également travaillé comme flûtiste soliste dans l'orchestre de l'opéra et du ballet slovènes de Ljubljana et participe encore, de temps à autre, à leurs productions.

Son succès en tant que professeur a été honoré par ses nombreux étudiants qui ont reçu des prix lors de concours nationaux et internationaux, tout en se produisant régulièrement en récital et en tant que soliste avec divers orchestres. Elle participe fréquemment à des cours d'été, organise des séminaires et des classes de maître.

Karolina Šantl Zupan s'est produite dans divers ensembles de chambre avec des artistes slovènes et étrangers reconnus et est actuellement membre du quatuor international de flûtes 4Syrinx.

Elle a enregistré pour la radio et la télévision slovènes et pour la RAI en Italie. En tant que soliste, elle s'est produite avec l'Orchestre philharmonique de Slovénie, RTV Slovenia et l'Orchestre symphonique de Fribourg.

Dans sa discographie, on trouve deux disques compacts avec des œuvres pour flûte et piano, flûte et harpe, et pour quatuor de flûtes.

Elle est actuellement professeur de flûte à l'Académie de musique de Ljubljana et à l'Académie de musique de Zagreb.