Né à Saint-Jean-de-Luz, sa carrière musicale variée l'a vu jouer avec divers groupes et artistes depuis les années 1980. Installé en Espagne de 1983 à 1988, il a été membre de Itoiz, Orquesta Mondragon et a cofondé La Noche avec Ángel Celada.

En 1992, il est membre du trio Caron-Ecay-Lockwood, qui a d'ailleurs publié un album éponyme la même année. Le trio tourne en France, en Chine, en Corée et au Canada.

Entre 1994 et 1998, Jean-Marie travaille et compose avec Claude Nougaro. En 1995, il sort son premier album solo live Atlantic Blues. Entre 1999 et 2003, Jean-Marie se produit régulièrement avec Richard Galliano.

En 2001, Ecay produit son deuxième disque World Energy Blues. Il joue aussi avec Eddy Louiss, Jean-Pierre Como, Dee Dee Bridgewater, et fait des séances de studio avec Jacques Higelin, Barbara. Certains artistes étrangers comme Randy Brecker, Gino Vannelli, Eddy Gomez, Alex Acuna ou Stanley Clarke ont sollicité JME pour des collaborations ponctuelles, live ou studio lors de leur passage en Europe.

De 2006 a 2016 il a joué principalement dans le groupe de Billy Cobham. En 2015 il participe à la tournée "Autour de la guitare" de Jean Felix Lalanne au côté, entre autres, de Larry Carlton et Robben Ford. Son 4ème CD en tant que leader « Hamaika » est sorti en avril 2017. A partir 2018 il joue dans le groupe du légendaire Jean Luc Ponty.

Très attaché à sa région, il a aussi créé un festival de guitare à Hendaye, le « Guitaralde » en 2012, dont il a été le directeur artistique et qui s’est arrêté en 2023. C’était une façon pour lui de participer à la vie culturelle basque.